Les disparités climatiques, les courants marins, la géographie mais aussi le sens du civisme propice à la préservation de l’environnement permettent à la faune et à la flore japonaise de s’épanouir dans une nature luxuriante. Malgré sa forte densité en population, 65% du territoire japonais est recouvert par des forêts. Le bois représente l’unique ressource naturelle du Japon et le pays protège consciencieusement son territoire inhabité pour entretenir au maximum cette source énergétique. Le Japon recense 168 essences différentes, ce qui est considérable comparé à l’Europe qui n’en compte que 85.
La diversité des microclimats enrichit l’écosystème qui permet à plusieurs zones botaniques d’être clairement distinctes. Ainsi, le nord d’Hokkaidô et la région montagneuse du nord d’Honshû se caractérisent par des températures tempérées. La partie centrale nordique du sud d’Hokkaidô et du nord d’Honshû est également tempérée et ces deux régions possèdent des feuillus endémiques comme le kamba, le miyama-nanakamado, le todomatsu et le hêtre japonais ainsi que des conifères tels que le shirabe, le sapin de Sakhaline et l’épicéa de Yesso. Le centre du pays offre l’opportunité d’admirer des arbres aux feuilles caduques larges comme les bunas et des conifères comme les pins hiba, hinoki et kuromatsu, ainsi que des plantes alpines comme la komakusa. Le territoire central méridional du nord de Kyûshû et de Shikokû aux températures chaudes ainsi que le sud de Honshu sont recouverts de forêts tempérées à larges feuilles persistantes comme les impressionnants chênes shii et kashi.
Du fait du reboisement, des espèces non endémiques sont également répertoriées comme les géants cèdres japonais sugi. La zone méridionale du sud de Kyûshû et de Shikokû s’habille d’arbres à feuilles persistantes tels que les kusunoki et les tachibana, mais aussi de sublimes arbres tropicaux tels que le sotetsu, le birô, le camphrier et le cocotier.
Les archipels Ryukyu et Ogasawara constituent une zone subtropicale humide où les forêts de feuillus et de conifères tempérées s’étalent aux côtés de palmiers, camphriers, bambous et fougères arborescentes. Par ailleurs, l’art japonais s’inspire beaucoup des fleurs. La fleur de lotus et le cerisier sakura sont les spécimens les plus typiques du Japon.
Dans ce milieu préservé où le relief rend inaccessible de nombreux endroits, la faune est extrêmement variée et il existe peu d’animaux dangereux pour l’être humain. A l’exception du habu présent dans le sud du pays et qui est venimeux, les serpents se font rares. Durant votre voyage sur mesure a Japon, vous croiserez des phoques, des morses, des lions de mer, des otaries à fourrure et des baleines à bec dans la mer au nord de la partie centrale de Honshu, des tortues de mer dans les mers tropicales des îles Ryukyu, mais aussi des loups, des renards, des visons, des pandas sauvages, des lièvres noirs, des antilopes, des tanuki et bien d’autres encore. Les daims s’épanouissent en toute liberté dans la région de Nara et symbolisent le lien sacré entre les dieux et les hommes. Sur l’île d’Hokkaidô, vous apercevrez entre autre des ours bruns, des martres noires, des skunks qui sont en voie de disparition. Le Japon a donc instauré des parcs naturels nationaux pour les protéger. Les espèces d’oiseaux sont également innombrables. L’aigle couronné, le faucon, le rossignol hototogisu, le hibou, ainsi que l’un des symboles du Japon le toki ou ibis huppé désormais quasiment éteint peuplent l’archipel nippon. Le Japon possède également des cigales, des grillons, des vers luisants, des libellules tombo, etc…